سهم دانشگاه‌ها از تولید علم کشور از سال 2011 تاکنون در ISI نشان می‌دهد دانشگاه آزاد اسلامی با 20 درصد در رتبه اول قرار دارد.
همچنین براساس آنچه محمدجواد دهقانی، رئیس پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) ابتدای تابستان امسال اعلام کرده بود آمار مقالات یک‌درصد برتر ISI در سال 2015 تا 2016 نشان می‌دهد دانشگاه آزاد اسلامی با 167 مقاله در رتبه اول قرار دارد. در آخرین به‌روزرسانی پایگاه استنادی ESI رتبه تولید علم دانشگاه آزاد اسلامی با دوپله صعود از رتبه 133 به رتبه 131 رسید. تعداد مقالات پراستناد هم 322 مقاله و مقالات داغ نیز 32 مقاله گزارش شده است که نسبت به دوره گذشته افزایش نشان می‌دهد.
اما موفقیت‌های علمی دانشگاه آزاد اسلامی تنها به مقالات پراستناد، تولید علمی و مقالات داغ محدود نمی‌شود. دانشگاه آزاد اسلامی در رشته‌های علوم‌پایه نیز حرفی برای گفتن دارد و در جمع موثرترین دانشگاه‌های ایرانی در علوم پایه قرار گرفته است.
بررسی پایگاه شاخص‌های اساسی علم ESI در بخش دانشگاه‌ها و موسسات تحقیقاتی دنیا نشان می‌دهد دانشگاه آزاد اسلامی این روزها توانسته است در رشته‌های شیمی، ریاضیات و فیزیک در جمع یک‌درصد برتر دنیا قرار بگیرد. این فهرست هر دوماه یک‌بار روزآمد می‌شود. دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی که اثربخشی تحقیقات آنها به‌حدی باشد که در مجموع یک‌درصد برتر دنیا قرار بگیرند در این فهرست وارد می‌شوند. حالا براساس بررسی این پایگاه در بخش موثرترین دانشگاه‌ها و موسسات تحقیقاتی دنیا مشخص شده است که ۲۴ دانشگاه و مرکز تحقیقاتی ایرانی در جمع یک‌درصد برتر دنیا قرار گرفته‌اند.
آنطور که محمدجواد دهقانی، سرپرست ISC گفته است با توجه به اینکه مطالعات حوزه زیست‌شناسی و زیست‌شیمی به دانشگاه‌های علوم پزشکی مربوط می‌شود، نام دانشگاه علوم پزشکی تهران در این میان مشاهده می‌شود. بین دانشگاه‌های جامع، دانشگاه تهران و دانشگاه تربیت‌مدرس در این حوزه موضوعی بین دانشگاه‌های یک‌درصد برتر دنیا دیده می‌شوند.
براساس اعلام این پایگاه، بیشترین تعداد دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی یک‌درصد برتر کشور در علوم پایه در حوزه شیمی قرار دارند. دانشگاه علوم پزشکی تهران با توجه به تولید علم خود در این زمینه بین دانشگاه‌های یک‌درصد برتر قرار گرفته است.
بین پژوهشگاه‌ها نام پژوهشگاه پلیمر و پتروشیمی ایران مشاهده می‌شود. دانشگاه تهران، دانشگاه تربیت‌مدرس، دانشگاه شیراز، دانشگاه شهیدبهشتی، دانشگاه فردوسی مشهد، دانشگاه بوعلی سینا، دانشگاه تبریز، دانشگاه اصفهان، دانشگاه رازی، دانشگاه کاشان، دانشگاه مازندران، دانشگاه الزهرا(س) و دانشگاه یاسوج بین دانشگاه‌های جامع در رشته شیمی در مجموع یک‌درصد برترین‌ها قرار گرفته‌اند.
به گفته سرپرست ISC دانشگاه صنعتی شریف، دانشگاه امیرکبیر، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه علم و صنعت ایران و دانشگاه خواجه‌نصیرالدین طوسی نیز در حوزه شیمی در مجموع دانشگاه‌های یک‌درصد برتر قرار دارند که نشان‌دهنده فعالیت‌های تحقیقاتی آنها در حوزه شیمی و حوزه‌های وابسته است.
در حوزه زمین‌شناسی تنها دانشگاه تهران در فهرست برترین‌ها قرار دارد و در حوزه ریاضیات دانشگاه صنعتی امیرکبیر در صدر قرار گرفته است. بعد از دانشگاه امیرکبیر، دانشگاه آزاد اسلامی بین برترین‌ها قرار گرفته است.
اما در حوزه فیزیک بازهم این دانشگاه آزاد اسلامی است که توانسته بین برترین‌ها قرار بگیرد. براساس آنچه در این پایگاه منتشر شده است، پژوهشگاه دانش‌های‌بنیادی، دانشگاه صنعتی شریف و دانشگاه صنعتی اصفهان به‌همراه دانشگاه آزاد اسلامی توانسته‌اند بین یک‌درصد برترین‌ها قرار بگیرند.