مارکار آقاجانیان در گفت‌وگو با رادیو ورزش در خصوص شرایط تیم ملی فوتبال اظهار داشت: تیم ملی هم اکنون برنامه‌ای ندارد و خود را برای بازی فروردین ماه آماده می‌کند. ما دو دیدار دوستانه مقابل مقدونیه و نروژ خواهیم داشت.
وی در مورد مرحله بعدی رقابت‌های انتخابی جام جهانی خاطرنشان کرد: ما در مرحله بعدی کار دشوارتری در پیش داریم چرا که با یکی از تیم‌های استرالیا یا ژاپن، امارات یا قطر، عربستان یا اردن، بحرین یا ازبکستان هم‌گروه خواهیم شد و باید تمام تلاش خود را بکنیم تا با اردوهای خوب و برنامه‌ریزی مناسب بتوانیم عملکرد خوبی داشته باشیم.
مربی تیم ملی در مورد انتقادهایی که سرمربیان برخی باشگاه‌ها از تعطیلی رقابت‌های لیگ برتر دارند، تاکید کرد: فکر می‌کنم کمی اذهان عمومی را تشویش می‌کنند. ما هیچ وقت لیگ‌مان را 20 روز تعطیل نکردیم. در ماه‌های شهریور، مهر و آبان 6 فیفادی بود که 5 بازی رسمی برگزار شد.
وی ادامه داد: بازیکنانی که از لیگ برتر در تیم ملی حاضر می‌شوند، در 2-3 روز ابتدایی ریکاوری می‌کنند و در دو روز مانده به بازی هم نمی‌توان هیچ کاری انجام داد پس 3-4 روز در این میان باقی می‌ماند و طبیعتا پس از برگزاری تیم ملی هم لیگ برتر 3 روز پس از آن برگزار خواهد شد که در مجموع تعداد این روزها به 17-18 روز می‌رسد. این هم تیم ملی تعطیل نمی‌کند بلکه در تمام دنیا چنین اتفاقی رخ می‌دهد.
آقاجانیان یادآور شد: شما ببینید 80 درصد تیم ملی نسبت به جام جهانی تغییر کرده و بازیکنان جوان در تیم حاضر شده‌اند. پس نیاز دارند که بیشتر با یکدیگر تمرین کنند و تنه آنها به تنه بازیکنان باتجربه بخورد. من هم باشگاه‌ها را درک می‌کنم. هم اکنون که لیگ به خاطر تیم امید تعطیل شده است کی‌روش صلاح دید بازیکنان در اختیار باشگاه‌ها باشند و اردویی برگزار نکرد. به نظر من اگر تعامل وجود داشته باشد خیلی بهتر می‌توان مسائل را پیش برد.
وی در مورد اینکه چرا تیم‌هایی مثل آرارات دیگر وجود ندارد، گفت: آرارات تیم خصوصی بود که نتوانست دوام بیاورد. باید سیستم مدیریتی ما تعدیل کند تا باشگاه‌های خصوصی بتوانند به خوبی فعالیت خود را انجام دهند. بازیکن قرارداد یک میلیاردی می‌بندند اما در پایان 500 میلیون هم نمی‌گیرد. پس بهتر است از همان ابتدا تمامی موارد مانند دنیا بسته شود یعنی هم جریمه وجود داشته باشد و هم بازیکن قراردادش را به طور کامل دریافت کند.