حضرت آیتالله خامنهای مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود.
صفحه توئیتر مركز اسناد انقلاب اسلامی در سالگرد آزادی حاج آقا مصطفی خمینی از زندان رژیم پهلوی٬ تصویر سند دستور آزادی از زندان قزل قلعه رژیم پهلوی را منتشر كرد.