به گزارش گروه سیاسی خبرگزاری دانشجو، شهید سید مصطفی خمینی فرزند امام خمینی(ره) در سال 1309 در قم متولد شد. به مناسبت نام پدربزرگ پدری‌اش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. در سال 1316 ش. قدم به مدرسه گذاشت و برای تکمیل شخصیت خدادادی و فطری خود و نوشیدن جرعه‌های علم و دانش راهی مدرسه شد، دوران ابتدایی را در مدرسه‌های "باقریه" و "سنایی" قم در سال 1323 - 1324 به پایان رساند.
علاقه فراوان وی به اسلام و روحانیت و راهنمایی‌های پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گردید که بعد از اتمام دوران ابتدایی در سال 1324 به صف طلاب حوزه بپیوندد. وی در راه فراگیری علوم اهل بیت علیه‌اسلام تلاشی بی‌وقفه و فوق‌العاده داشت و خود را به طور کامل در جهت کسب دانش و علم وقف کرده بود، از این رو در اندک زمانی به رشد فرهنگی و علم بالایی دست یافت و در کمتر از شش سال دروس سطح حوزه را به پایان رسانید. وی در این دوره از اساتیدی مثل آیات بزرگوار شیخ مرتضی حائری، شهید صدوقی، سلطانی و شیخ عبدالجواد اصفهانی بهره جست.
آیتالله ابطحی کاشانی از یاران شهید، درباره علاقه و هوش سرشار ایشان به درس می‌گوید:«گاهی به حجره ما می‌آمد و گاهی من به منزل وی می‌رفتم و با هم به درس می‌رفتیم (درس آقای سلطانی، درس آقای شیخ عبدالجواد اصفهانی) و از آن پس نیز با هم با درس خارج می‌رفتیم (درس امام، درس آقای بروجردی، درس آقای داماد) و خارج از درس‌ها هم، با هم مباحثه‌ای داشتیم (تقریرات آقای نائینی، رساله‌های شیخ انصاری در آخر مکاسب و...)
خصوصیتی که در شهید حاج آقا مصطفی سراغ داشتم، این بود که از همان اول حالت تعبد نسبت به مطالب علمی نداشت ؛ یعنی مثلا اگر شیخ انصاری یا هر بزرگواری مطلبی را گفته است سربسته نمی‌پذیرفت، بلکه مانند امام در مقام تجزیه و تحلیل بر می‌آمد و می‌توان گفت از همان اوایل روح اجتهاد داشت و همین هم باعث ترقی او شد». آقا مصطفی دارای استعداد فراوانی بود؛ به طوری که پس از تلاش فراوان در 27 سالگی به درجه اجتهاد نائل آمد که اجازه اجتهاد وی از طرف امام خمینی (ره) بود.
حاج آقا مصطفی در سال 1335 شمسی با خانم معصومه حائری، دختر آیتالله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی ازدواج نمود. اولین فرزند آن‌ها محبوبه بود که به جهت ابتلا به بیماری مننژیت درگذشت. دومین فرزند حسین، نام داشت که هم‌اکنون در کسوت روحانیت است. سومین فرزند آن‌ها مریم است که تا دوره دکترا تحصیل کرده است.
شهید سید مصطفی خمینی از سال 1341 که نهضت امام خمینی آغاز شد، همواره در کنار امام و یار و همراه و مشاور حضرت امام بود. وی پس از جریان 15 خرداد و نیز بار دیگر پس از تبعید حضرت امام، به علت اقدامات اعتراض‌آمیز خود بر علیه رژیم شاه توسط ساواک دستگیر شد و در نهایت نیز در 13 دی 1343 مأموران رژیم، به خانه‌‌اش حمله کرده و وی را نیز به ترکیه تبعید کردند.
وی پس از ورود به نجف در کنار برنامه‌های درسی و علمی، مبارزه را در کنار حضرت امام ادامه دادند. در سال 48 به دنبال یک سلسله فعالیت علیه رژیم بعثی عراق، دستگیر و به بغداد منتقل شدند. سرانجام در نیمه شب اول آبان 1356 (در سن 47 سالگی) آیتالله سید مصطفی خمینی، به شکل مرموزانه‌ای به شهادت رسید.
اولین کسی که از این واقعه آگاه شد و دیگران را نیز مطلع نمود، خادمه منزل حاج آقا مصطفی به نام صغری خانم بود. وی مشاهدات خود را به شرح ذیل بازگو می‌کند:
«شب، آخر قرار بود برای آقا مهمان بیاید. چون دیر وقت بود، ایشان آمدند و به من گفتند: صغری برو بخواب، من خودم در را باز می‌کنم. من هم اول به حرم رفتم، نماز خواندم، زیارت کردم، بعد به خانه آمدم و خوابیدم. صبح که طبق معمول، صبحانه آقا را بالا بردم، دیدم آقا روی کتاب‌هایشان خم شده‌اند، فکر کردم که خوابشان برده است، صدایشان کردم و گفتم: آقا... آقا خوابتان برده... که دیدم جواب نمی‌دهند و زیر چشمشان هم به رنگ خرما شده است. پایین رفتم و خانم ایشان را که مریض بود، صدا کردم و خودم هم به کوچه رفتم و فریاد زدم که آقا مصطفی (ره) مریض شده است که در این هنگام آقای دعایی مرا دید و با یکی دو نفر دیگر به بالا آمد و آقا را به بیمارستان بردند و دیگر نمی‌دانم چه شد.»
خانم معصومه حائری یزدی، همسر مرحوم آقا مصطفی، دومین نفری بود که از درگذشت شوهرش مطلع شد. وی نیز در این زمینه گفته است:
«حاج آقا مصطفی مردی بسیار قوی و از سلامت کامل برخوردار بود، هیچ‌گونه ناراحتی و بیماری نداشت، به همین دلیل برخلاف آن چه شایع کردند سکته قلبی، خیلی بعید به نظر می‌رسید».
شهادت وی، نهضت اسلامی ایران را جان تازه‌ای بخشید و به شکل انقلابی فراگیر درآمد که پس از 15 ماه منجر به سقوط رژیم پهلوی شد. شاید به همین جهت بود که حضرت امام خمینی (ره)، شهادت ایشان را از الطاف خفیه الهی دانستند.
آقا مصطفی خیلی عزیز است. خیلی مظلوم است. خداوند رحمتشان کند.