فرزند آیتالله مرتضی حائری یزدی (و نوه مؤسس حوزه علمیه قم)، عروس امام خمینی (ره) و همسر آیتالله سید مصطفی خمینی که همراه پدرش در تبعید بود و در تبعید شهید شد؛ هر کدام این نسبتهای خانوادگی کافی بود تا معصومه حائری یزدی تحت نظر و مراقبت ساواک باشد.
پيكر آيتالله مصطفي خميني را در آب فرات غسل دادند و پس از تشييع در ايوان طلاي مرقد حضرت امير(ع) دفن کردند. نقل است كه حضرت امام پس از شهادت وي به همسرشان فرمودند: ...